7.4 数据分析结果的提取和注入 EMP_result

模块EMP_result可以提取EasyMultiProfiler分析流程中对象中存储的数据分析结果，并可以将符合格式要求的外部数据分析结果导入对象，联合在一起进行数据分析。

7.4.1 数据分析结果的提取

当对一个组学进行多次数据分析时，已经完成的数据分析结果会被存储在对象中。模块EMP_result可以根据需求快速提取所需数据分析的原始结果。

result <- MAE |>
  EMP_assay_extract('geno_ec') |>
  EMP_alpha_analysis() |> 
  EMP_diff_analysis(method = 'DESeq2',.formula = ~Group) |>
  EMP_enrich_analysis(pvalue<0.05,keyType='ec',pvalueCutoff=0.05)

diff_re <- result |> EMP_result(info = 'EMP_diff_analysis')
alpha_re <- result |> EMP_result(info = 'EMP_alpha_analysis')
enrich_re <- result |> EMP_result(info = 'EMP_enrich_analysis')

7.4.2 数据分析结果的注入

EMP_result模块可以将外部其他软件分析的结果导入数据对象中，协同EasyMultiProfiler内的分析结果进行联合分析。注意：本方式与EMP_inject实际效果一致。EMP_inject适合灵活运用在流程中，EMP_result<-的方式方便单独书写以确认外部导入步骤的清晰明了。用户可以根据自己的习惯选择适合的导入方式。

🏷️示例：可以将外部vegan包计算多样性结果导入EMPT对象内。

Step1：提取微生物的物种注释数据。

tax_se <- MAE |> 
  EMP_assay_extract('taxonomy')

assay_data <- tax_se |> 
  EMP_assay_extract(action = 'get')

Step2：使用vegan包计算shannon多样性指数，并命名为new_shannon。

assay_data <- assay_data |> tibble::column_to_rownames('primary')
shannon_index <- vegan::diversity(assay_data,index = 'shannon') 
new_result <- tibble::tibble(primary=names(shannon_index),new_shannon=shannon_index)
new_result

Step3：将外部数据结果导入并进行分析。

### inject the new result into EMPT object
EMP_result(tax_se,
           value_name = 'new_alpha',
           affect_when_sample_changed=0,
           affect_when_feature_changed=1,
           attribute='primary',
           attribute2='normal',source='user_import') <- new_result

tax_se |> 
  EMP_filter(sample_condition  = new_shannon >4)